Le Jura suisse, qui s'étend sur l'extrémité méridionale de l'Alsace et le Nord-Ouest de la Suisse, constitue la partie Sud-Ouest de l'espace étudié. Il s'est développé seulement au Tertiaire en relation avec le plissement alpin et l'affaissement du Fossé Rhénan. Il est constitué de calcaires marins mésozoïques avec une structure plissée d'âge cénozoïque. Ces terrains ont été ensuite soulevés, alors que les Vosges et la Forêt-Noire sont constituées de terrains hercyniens, soulevés au Cénozoïque et au Pléistocène (VOGT 1992). Le Jura suisse comporte deux unités distinctes, du moins dans l'espace REKLIP. La partie septentrionale est le Jura tabulaire, qui s'étend le long du Rhin de l'Aar à Bâle et va jusqu'au Sud de Montbéliard, à proximité de la Porte de Bourgogne. Les couches calcaires apparaissent avec des pendages relativement faibles. La transition vers le Jura plissé s'effectue plus au Sud, où l'on se rapproche des Alpes. Les altitudes deviennent plus élevées avec le Passwang (1204 m), le Chasseral (1607 m) ou les Montagnes du Lomont (800 m). L'allure de relief plissé du Jura ressort bien sur la carte 3.2 avec le resserrement plus grand des isohypses et les pentes plus fortes, dépassant fréquemment 35 %, bien visibles sur la carte 3.3. Des dépressions comme les bassins de Laufen au Sud de Bâle et de Delémont apparaissent entre les différents axes de plissement. Ces formes ressortent nettement sur les cartes 3.1 à 3.6. Des dépôts tertiaires y subsistent et assurent de meilleures conditions pour l'agriculture. Le Dinkelberg et les collines du Weitenau, où dominent les calcaires du Muschelkalk, constituent le lien, à l'Est de Bâle, entre le Jura tabulaire et la Forêt-Noire. La haute vallée du Rhin s'insère dans cette zone de transition.