Nach der effektiven Klimaklassifikation von KÖPPEN (1923) gehört das Gebiet des Oberrheingrabens zum feuchtgemässigten Klima (Cfb), bei dem die mittlere Lufttemperatur des wärmsten Monats unter 22 °C, die des kältesten über -3°C liegt und das mindestens 4 Monate eine Mitteltemperatur von über 10 °C aufweisen muss. Diese Einteilung ist jedoch wegen des Fehlens einer direkten ororaphischen Komponente innerhalb dieser Klassifikation für eine Anwendung im Bereich der Regionalklimatologie für das so stark gegliederte Gebiet des mittleren und südlichen Oberrheins zu wenig differenziert.
Das Gebiet liegt im Westen Mitteleuropas, in einer Zone mit vorherrschenden Winden in der freien Atmosphäre aus westlichen Richtungen. Die Entfernung zum Atlantik ist verantwortlich dafür, dass das Untersuchungsgebiet im Übergangsbereich von maritimem zu kontinentalem Klima mit einem deutlich ausgeprägten Tages- und Jahresgang der Lufttemperatur liegt.
Wie in vielen anderen Gebieten der Erde wird das Klima im Bereich des mittleren und südlichen Oberrheins besonders stark durch die orographische Struktur geprägt.
Das Klima der Oberrheinebene ist für mitteleuropäische Verhältnisse recht mild. Dies ist einmal darauf zurückzuführen, dass die warmen und feuchten Luftmassen des westlichen Mittelmeerraumes von SW her durch die Burgundische Pforte leichten Zugang haben. Gegen kalte Luftströmungen aus anderen Richtungen ist der Oberrheingraben durch seine relativ hohen Randgebirge weitgehend geschützt. Er weist ein Jahresmittel der Lufttemperatur um 10 °C auf, in den Kammlagen der Mittelgebirge liegt dieses teilweise unter 4 °C. Das entspricht einer mittleren vertikalen Temperaturabnahme von etwa 0,6 K/100 m. Im Winter ist diese aufgrund der grösseren Inversionshäufigkeit geringer als im Sommer.
Bei Strahlungswetterlagen werden in den Randgebirgen, verursacht durch ihre starke orographische Gliederung, thermische Windsysteme angeregt (z.B. der »Höllentäler« bei Freiburg, der »Fechtäler« bei Colmar oder der »Albtäler« bei Karlsruhe), die zur lokalen Durchlüftung des Gebiets beitragen. Im Winter ist der Oberrheingraben bei länger anhaltenden Hochdruckwetterlagen mit Kaltluft gefüllt. Bei genügend hoher Luftfeuchte führt dies gleichzeitig zu Nebel oder Hochnebel, der mehrere Tage anhalten kann. Bei solchen Inversionslagen reichern sich in der Luftschicht Schadstoffe an. Die höheren Lagen von Schwarzwald, Vogesen und Schweizer Jura ragen oft aus dieser Kaltluftschicht heraus, und haben dann nicht selten bis zu 10 °C höhere Temperaturen und gute Fernsicht. In den zum Oberrheingraben offenen Seitentälern der Mittelgebirge verhindern die Kaltluftflüsse ein Stagnieren der Luft, was hier die Häufigkeit der Nebelbildung im Vergleich zum Rheingraben herabsetzt. Die Vorbergzone ist besonders in den Übergangsjahreszeiten gegenüber ihrer Umgebung wärmebegünstigt. Hier ist die Zahl der Tage mit Nebel sowie die Frostgefahr gegenüber der Rheinebene geringer.
Die für das menschliche Wohlbefinden wichtigen klimatischen Elemente weisen im Gebiet des mittleren und südlichen Oberrheins grosse Unterschiede auf. Im Sommer tritt an schwülen, heissen Tagen die grösste Wärmebelastung im Oberrheingraben auf, in den grossen Städten noch verstärkt durch ihren Wärmeinseleffekt. Mit zunehmender Höhe nimmt sie ab, besonders rasch in den der Strömung der freien Atmosphäre ausgesetzten Lagen. Im Winter sind diese Hochlagen jedoch vorzugsweise von Kältestress betroffen, am wenigsten dagegen die grossen Städte in der Rheinebene.
Die Niederschlagsverteilung im Untersuchungsgebiet ist ebenfalls stark von der orographischen Lage abhängig. Sie weist im Jahresverlauf zwei Maxima auf, eines im Juli und eines im Dezember. Im Gebirgsbereich ist das Dezembermaximum das primäre, sonst das Julimaximum. Das Dezembermaximum wird durch Niederschläge verursacht, die hauptsächlich mit den aus westlichen Richtungen herangeführten maritimen Luftmassen und den darin eingelagerten Niederschlagsgebieten verbunden sind. Das Julimaximum ist wesentlich durch konvektive, oft an starke Gewitter gebundene Niederschläge bedingt. Beim Überströmen der Gebirge kommt es auf den Luvseiten zu Stau mit vermehrten Niederschlägen und im Lee zu Föhneffekten. Staueffekte sind im Winter aufgrund des niedrigeren Kondensationsniveaus effektiver als im Sommer. Besonders ausgeprägt sind sie an den Vogesen, denn diese stellen für die von Westen herangeführten Luftmassen ein markantes Hindernis dar. In den Kammlagen dieses Gebirges fallen im langjährigen Mittel mehr als 2300 mm Niederschlag. Der im Lee der Vogesen liegende Schwarzwald erhält nicht mehr ganz so hohe Niederschlagsmengen. So beträgt die grösste mittlere Niederschlagshöhe im Nordschwarzwald, der nicht so sehr im Einflussbereich der Vogesen liegt, knapp 2100 mm, im Südschwarzwald fallen dagegen »nur« maximal 1900 mm. Schwarzwald und Vogesen stellen der Anströmung von Westen ihre Breitseiten entgegen, der Jura mehr seine Längsseite, was sich hier durch geringere Stauwirkung mit niedrigeren jährlichen Niederschlagssummen bis 1600 mm bemerkbar macht. Im Lee der Vogesen sinkt die jährliche Niederschlagssumme drastisch ab. Das Zentrum dieses Trockengebietes liegt bei Colmar mit mittleren Jahreswerten unter 600 mm. Auch im Lee des Schwarzwaldes gehen die Niederschläge stark zurück; in den Gäulandschaften am oberen Neckar und in der Baar erreichen sie nur noch 750 mm. Der Föhneffekt östlich der Vogesen macht sich häufig durch eine Auflockerungszone der Bewölkung bemerkbar, die sich manchmal nach Osten sogar bis über den Rhein erstreckt.
Der Jahresgang der Bewölkung hat sein Minimum im September und sein Maximum im Dezember und Januar. In den Sommermonaten ist der Bedeckungsgrad in den Gebirgslagen dabei höher als in den tiefer gelegenen Gebieten. Im Winter ist es aufgrund der dann oft mit Nebel gefüllten Täler umgekehrt.
Die Oberrheinebene ist aufgrund ihrer starken Abschirmung durch die umliegenden Gebirge ziemlich windschwach. Karlsruhe besitzt beispielsweise eine mittlere jährliche Windgeschwindigkeit von 2,8 m/s und Strassburg-Entzheim sogar von nur 2,2 m/s. Die höheren Gipfel der sie umgebenden Mittelgebirge sind aber aufgrund ihrer freien Lage und der für Mittelgebirge überdurchschnittlichen Höhe sehr stürmisch. Dagegen weisen die Kammlagen überdurchschnittliche Strömungsgeschwindigkeiten auf. Auf dem Feldberg im Schwarzwald werden im Jahresmittel 7,6 m/s gemessen. In den freien Hochlagen ist W bis SW die Hauptwindrichtung, in den Tälern wird sie aufgrund der dominanten thermischen Windsysteme durch die jeweiligen Talrichtungen bestimmt. Auch im breiten Rheingraben stellen die talparallelen Richtungen die Hauptwindrichtungen dar, hier aber aufgrund der Kanalisierung der Luftströmungen zwischen Vogesen und Schwarzwald.